Il nucleo originario nacque attorno a un priorato e a una grancia fondati dai monaci benedettini (o eremiti) nei secoli passati. Il toponimo stesso trae probabile origine dall'arabo Za'faran (zafferano) o dal termine locale legato alla coltivazione e alla morfologia dei luoghi protetti dai boschi etnei.

A differenza delle antiche città demaniali di fondazione regia, Zafferana nacque e si sviluppò come aggregazione di contrade agricole e pastorali legate originariamente alla giurisdizione e alle proprietà ecclesiastiche e feudali della zona (inclusa la Contea di Mascali), crescendo progressivamente grazie alla bonifica dei terreni vulcanici.

Costituitasi in comune autonomo nel XIX secolo (staccandosi dal territorio di Aci Sant'Antonio), la cittadina ha saputo affrontare con straordinaria tenacia la furia delle colate laviche e degli eventi sismici che nel corso dei secoli hanno minacciato il suo abitato. Oggi si presenta come un elegante e vivace borgo montano, insignito del titolo di Città, custode di tradizioni secolari e meta d'eccellenza del turismo etneo.